生物發酵有機肥關鍵來自綠色植物和(或)小動物施于土壤層以出示植物營養為其關鍵作用的含碳量原材料.經微生物化學物質、動物與植物廢料、綠色植物殘體生產加工而成，清除了在其中的有害有害物，含有很多有利化學物質，

它包含：多種多樣有機化學化學物質、肽類及其包含氮、磷、鉀以內的豐富多彩的微量元素。不但能為糧食作物出示全方位營養成分，并且肥力長，可提升和升級土壤有機質，推動微生物菌種繁育，改進土壤層的理化性質和生物活性，是綠色有機食品生產制造的關鍵營養物質。

理論上的生物發酵有機肥，包含以動物、綠色植物殘體或類化合物構成，如人和動物排泄物、秸桿、小動物殘體、屠宰廠廢料等。

生物菌肥(微生物肥料)是以微生物菌種的生命活動造成 農作物獲得特殊化肥效用的一種產品，是農業中應用化肥的一種。其在中國已有近50年的歷史時間，從根瘤菌劑——細菌肥料——微生物肥料，從名字上的演化已表明在我國微生物肥料逐漸發展趨勢的全過程。一直以來，社會發展上對微生物肥料的觀點存有一些誤會和成見。

微生物肥料是活物化肥，它的功效關鍵靠它帶有的很多有利微生物菌種的生命活動來進行。

只能當這種有利微生物菌種處在充沛的繁育和基礎代謝的狀況下，化學物質轉換和有利新陳代謝物質才可以持續產生。

因而，微生物肥料中有利微生物菌種的類型、生命活動是不是充沛是其實效性的基本，而不象其他化肥是以氮、磷、鉀等主要元素的方式和是多少為基本。正由于微生物肥料是活中藥制劑，因此其肥力與活菌總數、抗壓強度及周邊環境標準息息相關，包含溫度、水份、ph酸堿度、營養成分標準及原日常生活在土壤層中原著微生物菌種抵觸功效都是有一定危害，因而在運用時要多方面留意。

做為生物發酵有機肥的代替品，有機肥料與生物菌肥是綠色農業和現代農業的基本之一，因為二者都有不夠，現階段早已出現并快速營銷推廣一種兼具二者優勢的化肥——生物有機肥：

生物有機肥就是指特殊作用微生物菌種與關鍵以動物與植物殘體（如禽畜排泄物、糧食作物秸桿等）為來源于并經無害化、漚肥的有機化合物料復合型而成的一類兼顧微生物肥料和有機肥料效用的化肥。

生物有機肥與生物菌肥的差別：

（1）生物有機肥價格低，一噸在1000多元化上下；生物菌肥價格比較貴，一噸幾萬元。

（2）生物有機肥帶有作用菌和土壤有機質，能改進土壤層推動被土壤層固定不動營養物質的釋放出來；生物菌肥只帶有作用菌，根據作用菌來推動土壤層固定不動化肥的運用。

（3）生物發酵有機肥的土壤有機質自身便是作用菌日常生活的自然環境，施入土壤層后非常容易生存；而生物菌肥的作用菌將會不宜有的土地質量。